small、littleは両方とも小さいと言う意味があります。
smallは単純にサイズが小さいと言う意味で使われるのに対し、littleはサイズが小さいに加えて可愛いと言った感情が入っていると言う違いがあります。
例えばsmallの場合はsmall room 小さい部屋、small car 小型の車、littleの場合はlittle girl 小さな女の子、 little cat 子猫と言った使い分けです。
さらにsmallの場合はsmall amount 少量、small degree わずか、small number 少数、small size 小型と言った使われ方をしますが、littleにはamountやnumber、degree、sizeは使われないと言った違いもあります。
Your cat is small.と言っても単純に小さな猫ですねと言っているだけにすぎませんが、You have a little cat.と言えば小さくて可愛い猫を飼ってますね、と言う意味に変わるので飼い主さんから喜ばれやすいです。